A Prefeitura de São José está reordenando parte dos órgãos da administração municipal. O objetivo, de acordo com a assessoria de imprensa da prefeitura, é centralizar setores e otimizar os recursos públicos, reduzindo custos.

A Secretaria Municipal de Saúde, por exemplo, está sendo transferida para o prédio da Prefeitura de São José, na Avenida Beira-Mar. A administração municipal optou por não renovar o contrato de aluguel do prédio que atualmente abriga a estrutura no bairro Jardim Cidade Florianópolis.

Com a mudança da Saúde para a sede da Prefeitura, alguns órgãos foram transferidos de local. A Secretaria Municipal de Desenvolvimento Econômico, Ciência e Tecnologia e a Junta Militar se mudaram para o Centro Histórico de São José. O imóvel é de propriedade do Município e fica localizado na Rua Coletor Irineu Comeli, esquina com a Rua Homero de Miranda Gomes. 

O Procon Municipal continua com atendimento no piso térreo do prédio da Prefeitura, mas mudou-se para a ala norte, que após as alterações, conta também com a Junta Médica, UNIMED e Segurança do Trabalho. A Ouvidoria e a Central Telefônica saíram do 2º andar e estão instalados no corredor central do ático.